H Iερά Μονή Αγ. Ραφαήλ βρίσκεται 14 χλμ. βόρεια της Μυτιλήνης και 3 χλμ. από τον οικισμό της Θερμής, στο λόφο των Καρυών, μέσα στους ελαιώνες.

Η σημερινή γυναικεία μονή ιδρύθηκε το 1963 και εγκαινιάσθηκε το 1969. Αποτελείται από 2 ναούς που είχαν χτιστεί ο ένας επάνω στον άλλον για να περιλάβουν τους τάφους των αγίων. Στον επάνω ναό, που είναι αφιερωμένος στον Αγ. Ραφαήλ, βρίσκεται ο τάφος του, ενώ στον κάτω ναό, που είναι αφιερωμένος στην Κοίμηση της Θεοτόκου, βρίσκονται οι τάφοι του Αγ. Νικολάου, της Αγ. Ειρήνης και του πατέρα της. Υπάρχει επίσης μεγάλος ναός της Αγ. Μαγδαληνής , παρεκκλήσια και πινακοθήκη. Στον αύλειο χώρο του ναού, υπάρχει αγίασμα, που βγαίνει από τα έγκατα της γης.

Οι θαυματουργοί Αγ. Ραφαήλ, Νικόλαος και Ειρήνη είναι γνωστοί για τα θαύματά τους μέχρι και σήμερα. Εμφανίζονται ολοζώντανοι σε πιστούς είτε με τη μορφή καλόγερου, είτε ζητιάνου και τους δίνουν κουράγιο ή τους υποδεικνύουν να προσκυνήσουν και να επισκεφτούν το μοναστήρι. ‘Έχουν γίνει πολλά θαύματα υγείας μετά από την επάλειψη του ιερού λαδιού των αγίων πάνω σε ασθενείς. Δεν θεραπεύουν μόνο τις σωματικές ασθένειες, αλλά πάνω απ’ όλα βοηθούν την αθάνατη ψυχή να βρει τη σωτηρία της. Παράλυτοι σηκώνονται, κωφάλαλοι ακούνε, τυφλοί βλέπουνε, όγκους εξαφανίζει, ψυχολογικά θεραπεύει. Τα θαύματά τους είναι αμέτρητα. Οι εμφανίσεις τους είναι τόσο αισθητές που πολλοί ομολογούν πως τους είδαν, τους άκουσαν και τους θεράπευσαν.

Το 1235, ήταν γυναικεία Μονή και το 1463 λειτούργησε σαν ανδρική. Εκείνη την εποχή οι Τούρκοι κυνηγούσαν τους Χριστιανούς και εκείνοι κρύβονταν στο Μοναστήρι. Οι Τούρκοι έφτασαν στο Μοναστήρι και συνέλαβαν τον Ηγούμενο Ραφαήλ, τον Διάκονο Νικόλαο και τον πατέρα της 12 χρονης Ειρήνης, Προεστό Βασίλειο. Τους βασάνιζαν για να ομολογήσουν  που κρύβονταν οι Χριστιανοί.

Ο Άγιος Ραφαήλ είχε κρύψει νωρίτερα σε κρύπτη μία θαυματουργή εικόνα της Παναγίας και ιερά σκεύη για να μην πέσουν στα χέρια των Τούρκων. Μόλις έφθασε με άγριες διαθέσεις ο Τουρκικός στρατός στο προαύλιο της μονής, ο Άγιος Ραφαήλ τους δείχνει τον εγκόλπιο σταυρό που φορούσε ως αρχιμανδρίτης, τον φιλά και τους λέει <<εμείς Αυτόν προσκυνούμε και ποτέ δεν Τον εγκαταλείπουμε>>. Οι Τούρκοι με μεγάλη αγριότητα βασάνισαν τους Αγίους με πολλούς τρόπους.. Τον Άγιο Ραφαήλ τραβώντας απ’ τα μαλλιά και τα γένια τον έσερναν κάτω σε ένα κακοτράχαλο μονοπάτι χτυπώντας Τον, μέχρι που έβαψε τις πέτρες με το αίμα Του. Μετά τον έφεραν πίσω στην αυλή του μοναστηριού και τον έδεσαν σε μια καρυδιά ανάποδα (με το κεφάλι προς τα κάτω) και συνέχιζαν να τον χτυπούνε με ραβδιά. Απέναντί Του σε άλλη καρυδιά, έδεσαν και τον Άγιο Νικόλαο και τον βασάνιζαν και εκείνον. Ο Άγιος Νικόλαος αδύναμος σωματικά όπως ήταν δεν άντεξε για πολύ και παρέδωσε την αγιασμένη ψυχή Του στα χέρια του Θεού. Τον Άγιο Ραφαήλ τον βασάνιζαν απ’ τη Μεγάλη Πέμπτη μέχρι τη ΛαμπροΤρίτη οπότε τον σκότωσαν δυο Τούρκοι πριονίζοντας Τον απ’ το στόμα. Ήταν τότε 9 Απριλίου. ( Η μνήμη του Αγίου Ραφαήλ και των μαρτύρων Νικολάου και Ειρήνης εορτάζεται από την Εκκλησία μας την Τρίτη του Πάσχα επειδή τέτοια ημέρα ήταν η 9η Απριλίου του 1463.)

Την Αγ. Ειρήνη, της έκοψαν το χεράκι της, την έβαλαν σ’ ένα πυθάρι και την έκαψαν μπροστά στους γονείς της. (Στη Μονή σήμερα υπάρχει το πυθάρι όπου έκαψαν την Αγ. Ειρήνη και τα οστά από το χέρι της)

Μετά τη σφαγή  οι Τούρκοι, έκαψαν το μοναστήρι και έφυγαν.  Ένας μοναχός ονόματι Σταύρος  που γλίτωσε προσωρινά απ’ τη σφαγή, έθαψε τα σώματα των μαρτύρων. Στη συνέχεια θα μαρτυρήσει και αυτός.

Καθημερινά επιτελούνται στο μοναστήρι, αλλά και σε άλλα μέρη, νέα θαύματα των νεοφανών Αγίων μαρτύρων Ραφαήλ, Νικολάου και Ειρήνης, δια των οποίων έγιναν γνωστοί σε όλο τον κόσμο.

Οι ώρες λειτουργίας του μοναστηρίου είναι από τις 07:00 π.μ. ως την δύση του ηλίου και πρέπει να είστε ευπρεπώς ενδεδυμένοι.

Για να επισκεφτείς το μοναστήρι υπάρχει τακτική αστική συγκοινωνία. Εναλλακτικά μπορείς να νοικιάσεις ένα αυτοκίνητο από τη Avance Lesvos.